خانواده مرحوم سید محمد خلیلی یزدی ساکن قم کتابخانه ارزشمند به یادگار مانده از آن فقید سعید را به سازمان اسناد و کتابخانه ملی ایران اهداء نمود. به گزارش روابط عمومی مدیریت اسناد و کتابخانه ملی استان قم، این کتابخانه مشتمل بر 419عنوان و 705 جلد کتاب در موضوعات مختلف است .     

مرحوم خلیلی با آنکه کارمند بانک بوده است و با وجود قبولی در دانشگاه تهران بعللی  نتوانسته ادامه تحصیل دهد اما سبب علاقه شدید به کتاب و کتابخوانی، به طور مستمر با مطالعه کتابهای مختلف در موضوعات گوناگون انس داشته و هماره فرزندان و اطرافیانش را به مطالعه تشویق می کرده است.     

در کتابخانه او از کتاب های دینی و مذهبی گرفته تا کتاب های آموزش انگلیسی و کامپیوتر، آموزش زراعت و کشاورزی، تعمیرات وسائل منزل و مجلات علمی و پژوهشی از جمله سریع کامل مجله دانشمند یافت می شود.