وجود 13 میلیون برگ سند تاریخی دوره صفوی تا عصر حاضر، در مركز اسناد آستان قدس رضوی، شهر مشهد را در سندپژوهی و پژوهش‌های تاریخی، دارای نقشی برجسته ساخته است.

مجموعه‌اسناد تشكیلات اداری آستان قدس رضوی در دوره صفوی، با در برداشتن60000 برگ سند، گنجینه منحصر به فردی از تاریخ ایران است كه اطلاعات فراوانی از اوضاع اداری، اجتماعی، اقتصادی، كشاورزی، وقف و موضوعات مذهبی، به علاقه‌مندان منتقل می‌سازد.

مجموعه ‌اسناد تشكیلات اداری آستان قدس در دوره افشار نیز، حاوی 32170 برگ سند است كه دوره زمانی تاج‌گذاری نادر را تا تصرف خراسان به دست فتحعلی‌شاه قاجار در برمی‌گیرد. این اسناد، دارای مضامین اجتماعی، مذهبی، سیاسی و... است و در بررسی آن‌ها می‌توان به اطلاعاتی چون نحوه اداره بیوتات متبرك، امور مربوط به موقوفات و چگونگی تخصیص درآمدهای حاصل از آن، دست یافت.

این سازمان، همچنین گنجینه‌ای نفیس از مجموعه‌ اسناد خانوادگی و شخصی را نیز گردآورده است كه از آن میان می‌توان به مجموعه‌اسناد خانواده علم، آصف‌السلطنه، موقوفه شاهوردیخان، بزرگ‌نیا تاجر خراسانی، حاج حسین ملك، اسناد وزارت عدلیه در دوره قاجار و مجموعه‌اسناد نظامی، اشاره كرد.

 مركز اسناد آستان قدس رضوی، همچنین مورد مراجعه پژوهشگران انقلاب اسلامی نیز هست. مجموعه اسناد دوران انقلاب اسلامی، شامل اسناد مكتوب با موضوعات مختلفی مانند اعلامیه‌ها، نشریات و خبرنامه‌های داخلی سازمان‌ها، گروه‌های سیاسی و مذهبی مختلف، جزوه‌ها و اسناد و مدارك متفرقه برای استفاده این گروه، در اختیار آن‌ها قرار می‌گیرد.

انتشارات این سازمان، حاصل كار پژوهشگران این سازمان در باره مسائلی چون حضور دولت‌های بیگانه در شرق ایران، فرمان‌ها و رقم‌هائی از صفوی تا قاجار، مكتب‌خانه‌ها و مدارس قدیم آستان قدس رضوی و تاریخ كتابخانه آستان قدس رضوی را بر پایه اسناد در اختیار جامعه سندپژوه و سنددوست قرار داده است.