کتاب های نفیس مانند چاپ سربی و چاپ قبل از سال 1320 در این مخزن نگهداری می شوند.

تعداد منابع موجود در مخزن نفایس 17932 نسخه است که نیمی از آنها دیجیتال سازی شده و مراجعین می توانند در قسمت تالار رقومی از آنها استفاده کنند.

در حال حاضر بخش آماده سازی گروه مخازن از مدیریت فراهم آوری (واسپاری و مبادلات) و از مدیریت پردازش (بخش فهرستنویسی) کتاب دریافت می‌کند

 در این قسمت کتاب ها پس از طی مراحل تگ، برچسب رده یا بازیابی و جانما جهت فایل به مخازن فرستاده می شود.

در گروه مخازن تخصصی در صورت نیاز، از منابع اطلاعاتی، رونوشت تهیه شده و بخش تکثیر، نیازهای مراجعان را در این زمینه برطرف می سازد.

در صورتی که مراجعان به تهیه پویش (اسکن) از کتاب احتیاج داشته باشند با سفارش آنان این کار، انجام می پذیرد.

 انتقال کتاب ها توسط ریل های خودکار، انجام شده و فرآیند امانت به صورت کاملا خودکار صورت می پذیرد.

مخازن بسته یک و دو در طبقه منفی دو قرار گرفته است

این مخازن قریب به یک میلیون نسخه کتاب را در خود جای داده‌اند.

این کتاب ها به صورت ترتیبی در قفسه‌ ها مرتب شده اند و استفاده از آنها به کمک دستگاه های کتاب بر انجام می شود.

این دو مخزن در طبقه منفی سه قرار دارند 

همچون مخازن بسته یک و دو شامل کتاب های مختلفی در موضوعات گوناگون هستند و کتاب های آن توسط دستگاه کتاب بر به طبقه همکف ارسال می گردد.

اسنادی که در مخازن آرشیو نگهداری می‌شود در وزارتخانه‌ها، سازمان‌ ها و دیگر مؤسسه‌های وابسته به دولت تولید یا دریافت شده است.از این رو، انبوهی از اسناد با ارزش ملّی را اسناد مربوط به حکومت، سازمان‌ها، و مکاتبات اداری تشکیل می‌دهد. البته در خزانه آرشیو، اسناد اهدایی و خریداری نیز با منشا شخصی نگهداری می‌شود.

اسناد ملّی دارای طیف گسترده موضوعی هستند و از این رو به عنوان مستنداتی ارزشمند در پژوهش‌های سیاسی، تاریخی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی به شمار می‌روند.

قدیمی‌ترین سند موجود در مخازن آرشیوی، وقفنامه‌ای مربوط به دوره ایلخانی (726 ق.) است که به سازمان هدیه شده است.

اسناد موجود در آرشیو دارای شکل‌ های گوناگون است: مانند

• اسناد نوشتاری (طومارها، مکاتبات اداری)،

• ترسیمی (نقشه‌ها)،

• دیداری و شنیداری (عکس، اسلاید، انواع نوارهای صوتی و تصویری)،

• ریزنگاره‌ها (ریزفیلم، ریزبرگه)

•  گرافیکی (پوستر).

کار دریافت، ثبت، جایگزینی و نگهداری این اسناد در مخازن ویژه نگهداری اسناد (مخازن نگهداری اسناد کاغذی، مخزن ویژه حامل‌های رنگی، مخزن ویژه اسناد مغناطیسی و مخزن گاو صندوقی) انجام می‌شود.

این مخازن، تحت نظارت مداوم کارشناسان است و استانداردهای نگهداری اسناد در آن‌ها رعایت می‌شود.

این بخش با انجام مصاحبه با چهره‌‌های آگاه و برجسته تاریخ معاصر و آماده سازی اطلاعات به ‌دست آمده برای اطلاع رسانی، به نوعی سرگرم تولید اسناد شفاهی است و از این بسترگاه خدمت برجسته‌ای در راستای روشن سازی نقاط مبهم تاریخ ایران به انجام می‌رساند.

اطلاعات تولید شده در این بخش، بر اساس آیین نامه‌ها، دستورالعمل‌های اجرایی و مفاد توافق نامه نحوه استفاده از مصاحبه قابل دسترسی است.